Tumor Genetics Blog

Hei! Voitko esitellä itsesi?

Olen Maritta Räisänen, väitöskirjatutkija Lauri Aaltosen kasvaingenomiikan tutkimusryhmässä. Minulla on kandi- ja maisterintutkinto biologian puolelta, maisterivaiheessa erikoistuin ihmisgenetiikkaan. Maisterintutkielmani käsitteli kohdun myoomien kromatiinin avoimuutta ja avoimuuden eroja normaalin kohdun sileälihaskudoksen (myometriumin) ja myoomien välillä. Maisterintutkielmani valmistui vuonna 2019, ja vuodesta 2020 lähtien olen työskennellyt väitöskirjatutkijana. 

Mitä ovat kohdun myoomat? Mitä tarkoittaa kromatiinin avoimuus? 

Kohdun myoomat ovat hyvälaatuisia sileälihaskudoskasvaimia. Myoomat ovat hyvin yleisiä, arvioiden mukaan niitä on n. 70%:lla naisista elämänsä aikana. Kromatiini on rakenne, joka koostuu proteiineista, sekä DNA:sta, solujen perinnöllisestä materiaalista. Tämän rakenteen avoimuus vaikuttaa mm. geenien säätelyyn, ja normaalin ja kasvainkudoksen erot voivat viitata näiden säätelyn muutoksiin kasvainten synnyssä. 

Jatkaako väitöskirjatutkimuksesi tätä työtä, vai tutkitko jotain muuta? 

Maisterintutkielmani työ on osa suurempaa kokonaisuutta, joka julkaistiin Nature-tiedelehdessä 2021. Väitöskirjatutkimukseni on jatkanut tämän työn pohjalta, tavoitteenamme on saada perusteellinen kuva myometriumin sekä myoomien säätelygenomista. 

Tällä hetkellä viimeistelen käsikirjoitusta, jossa kuvaamme ns. kromatiinitilojen eroja myometriumin ja myoomien välillä. Kromatiinitilat sisältävät erilaisia säätelyllisiä ominaisuuksia, esimerkiksi enhancerit, geenien ilmenemiseen liittyvät elementit ovat yksi kromatiinitila.

Säätelygenomin kartoitus on ollut suuri ponnistus, jonka aikana on tuotettu suuri määrä tietoa potilasnäytteistä, jonka lisäksi on käytetty julkisesti saatavilla olevaa dataa. Yhtenä esimerkkinä potilasdatan ja julkisen datan yhdistelystä on kromatiinitilojen yhdistäminen genominlaajuisessa assosiaatiotutkimuksessa (GWAS) tunnistettuihin alueisiin, jotka altistavat myoomien synnylle. Olen ollut väitöskirjatutkimukseni aikana mukana myös muissa projekteissa, mutta myoomien säätelygenomin kartoitus on ollut näistä suurin. 

Mitä tarkoitetaan genominlaajuisella assosiaatiotutkimuksella? 

Genominlaajuinen assosiaatiotutkimus pyrkii tunnistamaan genomin alueita, jotka altistavat tietyille sairauksille. Käytännössä tutkimuksessa käytetään suuria tutkimusaineistoja, joissa verrataan tietyn taudin/ominaisuuden kantajia kontrolleihin. Omassa tutkimuksessamme etsimme genomialueita, jotka altistavat myoomien synnylle. Jos tilastollisen testauksen jälkeen havaitaan tietyn alleelin tietyssä lokuksessa olevan yleisempi naisilla, joilla on myoomia verrattuna naisiin, joilla myoomia ei ole, voidaan sanoa tämän alleelin liittyvän myoomien periytyvään kasvainalttiuteen. 

Olemme käyttäneet tutkimuksessamme kolmea eri väestökohorttia: FinnGeniä, joka koostuu suomalaisten genomitiedosta, sekä UK BioBank ja Biobank Japan –materiaaleja. 

Mitä tarkoittaa säätelygenomin annotaatio? Annetaanko annotaatiolla sekvenssille biologinen merkitys, jolloin kromatiinitilat toimivat eri tavoin normaalissa kudoksessa ja myoomissa? 

Kyllä, jokaiselle genomilokaatiolle annetaan yksi 15:tä kromatiinitilasta, joilla on erilainen biologinen merkitys genomin säätelyssä. Kun samassa lokaatiossa on eri kromatiinitila normaalissa kudoksessa ja myoomassa, tällä voi olla yhteys esimerkiksi lähellä olevien geenien säätelyn muutoksiin. 

Millaista julkista data voidaan yhdistää genomiannotaatioihin? Puhutaanko ympäristötekijöistä, elintavoista tai syvemmästä geneettisestä datasta? Mistä julkinen data on peräisin? 

Eniten käytetään geneettistä dataa, esim. muista muista kudos- ja solutyypeistä peräisin olevaa säätelygenomidataa. Säätelygenomit poikkeavat toisistaan eri kudosten ja solutyyppien välillä, joten ”oikean” kudostyypin käyttämisellä saadaan tarkempi kuva kyseisen kudoksen säätelystä. 

Yksi suurista dataseteistä, jota käytämme tässä tutkimuksessa on FinnGen -data, joka kokoaa yhteen genomitietoa suomalaisten perimästä. FinnGen –datan avulla olemme pystyneet tunnistamaan alueita, jotka altistavat myoomien synnylle populaatiotasolla.

Auttaako säätelygenomin tutkiminen myoomien synnyn ymmärtämisessä? Saadaanko tutkimuksesta tietoa, jonka avulla potilaiden hoito paranee?  

Myoomat syntyvät erilaisten geneettisten muutosten seurauksena. Yhden geneettisen muutoksen myötä syntyneet kasvaimet voivat reagoida hoitoihin eri tavoin kuin toisen muutoksen kautta syntyneet, jolloin näiden ryhmien välisten erojen tutkimuksella voidaan löytää keinoja erityyppisten myoomien hoitoon. Olemme tuottaneet kromatiinitilat myometriumin lisäksi erilaisten geneettisten muutosten myötä syntyneille myoomille, jolloin erot näiden säätelygenomeissa voivat antaa vihjeitä spesifimpiin hoitokeinoihin. 

Kiinnostaako syöpätutkimus? Haluatko kuulla lisää Kasvaingenetiikan tutkimuksen huippuyksiköstä? Seuraa blogia, löydät meidät myös Instagramista @tumorgenetics ja Twitter/X:stä @CoEinTG